期首の資本金が1,000万円以上の新設法人は、基準期間がない事業年度については無条件に納税義務者となります。ただし、開業準備行為のみで終了したために売上高はなかった。などというように、課税期間中に課税売上高がなく、かつ確定消費税額もない場合には確定申告書の提出義務はありません。

また、設立３期目においては設立事業年度が基準期間となりますので、基準期間の課税売上高を年換算して納税義務を判定することになります。そのため0を年換算しても0（1,000万円以下）となり、３期目においては納税義務は免除されることになります。

ただし、２期目の上半期（特定期間）の課税売上高と給与等の支払額のいずれもが1,000万円を超える場合には、３期目の納税義務は免除されません。

　設立３期目において多額の設備投資が予定されているならば注意が必要です。
第３期以降について基準期間・特定期間課税売上高の確認をせず、選択しようとする課税期間（この場合は３期）の初日の前日までに、課税事業者選択届出書の提出をしなかった場合。　結果として、３期目は免税事業者となり、消費税の還付を受けることができないのです。